Jan Bukowski projektował zarówno polichromię, jak i witraże w kościele parafialnym w Proszowicach, pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Jana Chrzciciela. Materiały źródłowe pozwalają precyzyjnie określić jego pracę zarówno polichromię, jak i witraże. Polichromia wnętrza powstała według projektu Jana Bukowskiego. Witraże w prezbiterium były zaprojektowane przez Bukowskiego, a wykonano w krakowskim zakładzie S. G. Żeleńskiego. Do dziś dnia zachowany jest zespół witraży, pochodzący z lat 1936–1937. Przedstawiają m.in. polskich świętych i błogosławionych: ♦ św. Stanisława, ♦ św. Kingę, ♦ św. Jacka, ♦ św. Wojciecha, ♦ św. Jadwigę, ♦ św. Jana Kantego, ♦ św. Stanisława Kostkę i ♦ św. Kazimierza, a także ♦ św. Jana Chrzciciela i ♦ św. Marcina.
Jeżeli chodzi o polichromię to jest tu jednak pewna rozbieżność w datowaniu, którą warto wyjaśnić. Oficjalna historia parafii mówi ogólnie o powstaniu polichromii i witraży w okresie międzywojennym. Natomiast opracowanie Narodowego Instytutu Dziedzictwa podaje dla malowideł ściennych wcześniejsze daty 1914–1924, jednocześnie wyraźnie datując witraże według projektu Bukowskiego na lata 30. XX wieku.
Opracowanie Folia Historiae Artium Polskiej Akademii Umiejętności (polskie naukowe czasopismo poświęcone historii i teorii sztuki, wydawane w Krakowie), identyfikuje w kościele w Proszowicach dekorację malarską wnętrza i witraże w prezbiterium jako dzieło Jana Bukowskiego i datuje je na 1935–1936.
Jan Bukowski był autorem projektu proszowickiego wystroju malarskiego kościoła oraz kartonów, projektów witraży. Bukowski wykonał kartony witraży – pełnowymiarowe projekty – rysunki, który służy jako wzór dla wykonawcy. Obejmowały: kompozycję, kształty poszczególnych elementów, kolory, podział na kwatery i elementy ołowiane, dokładne wymiary.
Nie należy natomiast mówić, że osobiście wykonał wszystkie te prace. Witraże zostały wykonane w zakładzie S. G. Żeleńskiego, a przy polichromiach pracowali wykonawcy według jego projektu. Taki podział – artysta projektujący – wyspecjalizowany zakład realizujący. Przebieg: ♦ 1 maja 1935 r. Bukowski rozpoczął malowanie, prace zakończyły się w listopadzie 1935 r., koszt polichromii wyniósł 15 000 zł; ♦ w 1936 r. wykonano witraże w prezbiterium; ♦ w 1937 r. dodano dwa witraże w nawie; ♦ projekty witraży wykonał Bukowski, natomiast realizacją zajmował się krakowski zakład S. G. Żeleński. Bukowski stworzył w Proszowicach całościowy program ikonograficzny. Jego podstawą jest idea Deesis. Deesis (gr. δέησις, déēsis – „modlitwa”, „błaganie”) to motyw w sztuce chrześcijańskiej, przedstawiający Chrystusa jako sędziego lub władcę, któremu towarzyszą Matka Boska i św. Jan Chrzciciel. Kościół w Proszowicach jest pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny i św. Jana Chrzciciela. Bukowski wykorzystał więc samo wezwanie świątyni jako podstawę całego programu. Maryja i Jan Chrzciciel występują następnie w różnych miejscach dekoracji, a ich funkcją jest wskazywanie na Chrystusa i ideę wstawiennictwa za ludźmi. Ale Bukowski zrobił coś jeszcze. Do klasycznego programu religijnego dodał program polski, narodowy. Dlatego w Proszowicach mamy jednocześnie: Chrystus, Maryja, Jan Chrzciciel, Eucharystia, święci, Polska, Jasna Góra, polska tradycja ludowa. To jest klucz do zrozumienia całego wnętrza.
Zbigniew Pałetko